概览
这场竞赛适合谁
适合已有深度学习实践基础、愿意使用 PaddlePaddle 2.0 及以上版本的个人参赛者,尤其是想做 RNA 序列与二级结构输入建模的人。参赛者需要能处理 RNA 序列和 LinearFold 预测的二级结构,并输出逐碱基位置的概率向量。
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本赛题旨在解决RNA结构预测问题,要求选手基于百度发布的RNA二级结构预测算法LinearFold和RNA配分方程算法LinearPartition,预测给定RNA序列在每个位点上保持不成对的概率。 Official tags: 生物计算. Sign-ups: 114.
学习资源
这场比赛提供什么
官方提供了可以直接运行的基线,从它开始通常比从零搭快得多。
- 基线方案Official runnable baseline project
- 数据获取Training and test RNA datasets
- 教程WAVE SUMMIT+2020 engineer video explanation
- 教程Baidu Research RNA competition explanation video
- 教程LinearRNA tutorial
- 教程PaddleHelix RNA prediction prerequisite tutorial
- 教程LinearFold RNA prediction algorithm tutorial
- 教程University of Freiburg RNA teaching website
- 教程RNA secondary structure lecture notes
- 教程RNA structure prediction lecture notes
- 参考论文LinearPartition paper
- 参考论文LinearFold paper
- 参考论文SpotRNA paper
参赛准备
从报名到首次提交的准备步骤
- 01
能够读懂官方赛题与参赛规则
- 02
RNA序列建模
- 03
RNA二级结构表示
- 04
序列到序列回归
- 05
概率值预测
- 06
ZIP与TXT结果文件生成
投入前确认:难点在于把长度可变的 RNA 序列及其 LinearFold 二级结构转化为逐位置预测,并让每个输出都落在 0 到 1 的概率范围内。提交还要求按测试序列编号分别生成单列 TXT 文件并打包为指定名称的 ZIP,格式错误会直接影响提交。
来源